La Biblioteca tiene varios orígenes, el primero es la biblioteca del Centro de Estudios sobre la Universidad (CESU), que funcionaba como área de apoyo a las investigaciones realizadas por el Archivo Histórico de la UNAM (AHUNAM), y se ubicaba en el octavo piso de la Biblioteca Central de la UNAM. Desde su creación en 1976, los materiales bibliohemerográficos quedaron independientes de la colección documental del Archivo Histórico.

El 3 de diciembre de 1979, el CESU se trasladó al actual Edificio de la Biblioteca y Hemeroteca Nacional, como parte de los festejos por la Autonomía Universitaria y con él su biblioteca, la cual creció de manera orgánica, a través de sus distintas colecciones. 

En 1997 con la integración al CESU del Centro de Investigación y Servicios Educativos (CISE), el acervo de la biblioteca creció exponencialmente, al tiempo que heredaba el alto nivel de especialización en investigación educativa que hasta ahora tiene, dado que las colecciones del CISE provenían a su vez de la fusión del Centro de Didáctica y de la Comisión de Nuevos Métodos de Enseñanza.

En agosto de 2006, el CESU y su biblioteca se trasladaron al nuevo edificio y en septiembre de ese mismo año, cuando el H. Consejo Universitario cambió la denominación y responsabilidad institucional de Centro a Instituto, es que se reconoce como tal “La Biblioteca del IISUE”.